壽昌(在江西新城今黎川縣)、云門(在浙江紹興)二寺,在明末并稱為曹洞中興道場。入清以后,壽昌慧經的法嗣無異元來、永覺元賢、晦臺元鏡等,各振一方。元來住江西博山,其道大行。門下出宗寶道獨、棲壑道丘、星朗道雄等,分傳曹洞禪法于嶺南和江北。道獨門下出剩人函可(1611—1659 )、與天然函昰(1608 —1685)等。函可以弘法罹難,充配沈陽,開法于千山。天然為廣東一大宗匠,明朝亡后,遺民士子多從他披剃。道丘(1586—1658)開山鼎湖,其法系在摻弘贊、跡刪成鷲等,皆一時名德。道雄(1598—1673)住安徽廬江冶父寺,鼓揚洞上宗風,著有《教外直指》。元賢(1578—1657)重興福州鼓山,法嗣為霖、道霈繼之,講學刻經,頗為曹洞生色。元鏡弘禪于建陽東苑,門下出覺浪道盛,開法于南京天界寺,其法系頗為繁榮。
紹興云門一系,自湛然圓澄以后,其勢力頗足與臨濟的天童一系相頡頏。圓澄門下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪,在清初均為有名宗匠。明方門下的遠門凈柱、位中凈符,明盂門下的俍亭凈挺、西遁凈超,明雪門下的百愚凈斯等,都是很有名的禪宿。
太平天國以后,金山、高旻、天童、天寧,號為禪宗四大叢林。道華清澄的法嗣月溪顯諦與觀心顯慧(許樾身《觀心大師塔銘》)先后重興鎮江金山。其后,大定密源(1824—190)、常靜密傳、性蓮密法、隱儒密藏,相繼整肅禪規,宗風大振。金山遂成為中國的禪宗首剎。揚州高旻寺,自清初天慧實徹(?—1735)經昭月了貞、寶林達珍至楚泉全振(1861—?),其禪規整肅,與金山齊名。常州天寧寺,清初原為律宗道場,自大曉實徹(1685—1757 )改為禪宗,至冶開清镕(1850 —1920)繼主法席,宗風大盛。冶開與宜興海會寺妙參清虛、南京香林寺濟南清然、揚州高旻寺楚泉全振、蘇州西園寺廣慧圓德,同稱為清末江南宗門五老。重興寧波天童寺的寄禪以及湖南衡陽岐山仁瑞寺的恒志(1811—1875 )、江蘇句容赤山真如寺的法忍(1845 —1905)都是清末著名的禪僧(寄禪:《恒志和尚道狀》、《法忍禪師塔銘》)。
明代以來各派禪僧競撰燈錄、世譜。紫柏以《傳燈》未續,為他出世一大負,因此能文緇素,都發愿有所著述。此種風氣,在清代尤為流行。清代所撰的傳燈僧史,有道忞《禪燈世譜》九卷,通容《五燈嚴統?范