據農業部農村經濟研究中心黨組書記陳建華介紹，20世紀80年代中后期，我國農村就出現包括轉包、出租、互換和轉讓等多種農村土地流轉形式。到90年代初期，以土地承包經營權流轉為主的農村產權交易初露萌芽。農業部2005年1月頒布有關辦法規定，地方政府農業主管部門要負責流轉及合同管理指導，此后各地才陸續成立了專門從事農村產權交易的機構。全國第一家農村產權交易所是2008年10月在成都市建立的，隨后重慶、武漢、廣州等大城市也隨之設立了這類機構。
目前，這些機構主要有農村土（林）地流轉服務中心和農村產權交易所（中心）兩大類。據了解，截至2012年底，全國已有800多個縣（市）、13000多個鄉（鎮）建立了土地流轉服務中心；林業系統成立了1200多家林權交易機構。到2014年10月底，全國有北京、上海、天津、重慶、安徽、山東、成都、武漢、杭州、廣州、昆明等11個省級或省會城市級農村產權交易服務機構。
多位專家告訴《經濟參考報》記者，現在全國的農村產權交易機構普遍面臨三大挑戰，也是此次將要發布的關于引導農村產權流轉交易市場健康發展的指導意見要解決的主要問題。
首先是交易機構定位模糊。在四川廣安華鎣市，隨著土地確權頒證的進行，農村產權交易機構的建立也提上了議事日程。該市農業局副局長王燕飛說，根據他的考察，農村產權交易機構設立在哪個部門，四川省各個地方都有自己的思考和探索。“有的在國土部門，有的在農業部門，還有的單獨設立部門。”王燕飛說。
不僅是主管部門不統一，據一位不愿意具名的專家表示，現在全國的農村產權機構有的是企業性質，按照公司機制運行，有的是事業單位，市場定位也不統一。絕大多數流轉服務機構依托政府職能部門設立，價格發現、資本對接等市場職能沒有充分體現。11家省級和省會級農村產權交易機構中，國有企業出資6家，政府與國有企業共同出資1家，政府部門出資4家，多數交易所是在政府和相關部門扶持下生存，政府在交易所工作中的主導作用非常明顯，政事不清、政企不清的問題比較突出。
其次是法律制度障礙依舊突出。據武漢農村綜合產權交易所有關負責人介紹，目前集體產權是否必須進場規范交易、農村產權交易機構的合法性、二次流轉、長久不變等都缺乏相關法律依據。《土地承包法》、《擔保法》和《物權法》等法律的限制性條款都制約了農村產權的流動。此外，法律法規之間還存在相互沖突的現象，如四荒地和林權的承包期遠高于《合同法》對租賃合同期限的規定等。
最后是配套政策尚不完善。陳建華表示，全國目前還未出臺農村產權交易工作的相關文件，缺少宏觀指導和配套政策，各地是在“摸著石頭過河”。農民和集體資產管理者作為參與農村產權交易的市場主體，通過公開交易保護權益的意識不強，有的集體資產管理者缺乏自我約束和接受監督的意識。
記者在四川省華鎣市采訪時，當地一位村民劉瓊說，她“撿”了2戶村民的1畝地來種，都是口頭上說好的，用不著簽協議、備案什么的。事實上，像劉瓊這種通過口頭協議進行少量土地流轉的，在農村普遍存在，一些農村產權交易中心也無法將這類行為進行備案。
在四川省江油市，農業局下屬單位農村土地流轉服務中心早在幾年前就建立了。中心副主任龔明鳴說，當地政策規定，45畝以上的土地流轉需要到該中心備案，但沒有強制要求，因此農民、大戶到土地流轉服務中心進行備案的比例比較低。
農業部數據顯示，截至2014年6月底，家庭承包耕地流轉面積占到全國家庭承包經營耕地總面積的28.8%，流轉合同簽訂率達70.3%。有關人士透露，近年來隨著土地流轉規模的日益擴大，流轉過程中農民的權利和義務需要合同約束，目前近三成的流轉沒有簽訂合同，說明很多地區需要盡快設立交易服務機構。數據顯示，成都農交所各類農村產權交易成交金額近400億元。“但民間的交易額可能超過這個數字10倍以上。”成都農交所負責人說，這在一定程度上反映了該所在實踐中的尷尬。
多位專家預計，現在地方上成立農村產權交易機構的積極性高漲，隨著政府即將出臺指導意見明確相關事宜，2015年的土地流轉交易會更加順暢，規模有望進一步擴大。同時也有專家提醒，未來在產權流轉交易的實踐操作中，由于是市場化運作，將有更多的工商資本涌入農村拿地，如何通過設置保障金交納等制度屏障抵御“非糧化”、“非農化”等風險，在不破壞現有集體經濟的前提下合理增加本集體村民的收入，都是政府和交易所要共同面對的挑戰。
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