傳統村落蘊藏著豐富的歷史文化信息和自然生態景觀資源，是鄉村歷史、文化、自然遺產的“活化石”和“博物館”。面對古村落保護出現的新問題，保護切忌“一刀切”，而應該在出臺相關法律的基礎上，科學制定傳統村落保護專項規劃，結合各村落不同資源特色實行精準化保護，避免村落發展同質化。
目前，古村落保護還處于自發狀態，對文化遺產調查不明、文化內涵挖掘不夠、文化資源利用不足，甚至出現了建設性破壞現象。在制定不同村落的規劃時，明確規定傳統村落保護、整治、更新的區域和范圍，確立核心保護區和建設控制區，嚴格限制核心保護區的改擴建、裝修，嚴格限定建設控制區改造區域、拆遷范圍、建筑風格、高度、密度、色彩等控制指標，嚴格保存傳統村落原有肌理。
古村落保護要以村民為主，保護過程中要有村民參與，讓農民在保護中享受發展的利益。建立村民為主、社會力量廣泛參與的保護機制，邀請村民代表全程參與保護規劃編制，在編制村落保護規劃時，使專家和村民代表占有一定比例。
“政府引導、社會參與、村民為主”是古村落保護的總體原則，政府可給予適當補助維修經費，鼓勵扶助村民“自保”，受補助者在鄉土建筑的維修使用管理等方面履行相應義務；若產權人無力承擔修繕費用，可將產權轉移村集體或由政府收購產權，墊資修繕鄉土建筑，產權人可享有居住權并承擔保護義務；引導公眾在自愿基礎上實現鄉土建筑產權或使用權的轉移性保護，鼓勵社會組織、企業和個人以認領、認養、認保等方式參與保護利用。
古村落的保護要突出特色，走傳承活化之路。走傳承活化之路，就是要讓古村落“活”起來，有人氣，能適宜于居住生活，而不是成為一個“空殼”和僅僅能夠參觀的死古建筑。
展開來說，就是住建、文化等部門要把還原鄉俗生活、恢復特色民俗活動作為古村落活化工作的重要內容，使佛山的城市升級向鄉村延伸，使特色古村落在新型城鎮化進程中綻放新的活力。
古村落的建筑無論歷史多久，都不同于古建。古建屬于“過去時”的，鄉土建筑是“現在時”的。所有建筑內全都有人居住和生活，必須不斷地修繕乃至更新與新建。這樣村落才不會是某個時代風格一致的古建筑群，而是斑駁而豐富地呈現著它動態的嬗變的歷史進程。對于這一遺產的確認和保護的標準，應該自成體系。
隨著社會經濟的發展，農業文明已經逐漸退出歷史舞臺，農產品附加值無法完成現代價值觀中對經濟價值的認可。目前，古村落所在地青壯年大部分以外出打工為主而謀生，已經出現了耕作以及村寨居住的“空殼現象”，農業存在的動力缺失，將使得古村落的文化知識系統老化，失去年輕人的傳承，這是古村落保護動力的缺失。
此外，古村落運轉是非常鄉土的技術，從耕作、房子、人際關系的維系都是如此。但是，面對工業化、城鎮化和信息化等現代化的沖擊，已經發生對特質的改變，而且很嚴重，一旦這些特質消失，古村落的不僅沒有了農耕意義，而且其附加的耕作文化也會因為“皮之不存毛將焉附”而失去了發展意義。
旅游業對古村落的威脅已經開始顯現，設門收費、觀景臺、大型旅游設施建設的方式，這對古村落系統而言，是個威脅。古村落已經存在了很久的生活形態，與自然融為一體，任何旅游的干擾，都會對這里產生心理、生活和文化的影響，進而影響到古村落的和諧和系統的健康運轉。
古村落的原住民、農田、水系就像自然保護區，他們本身就是一種自然循環體，是活態的文化景觀遺產。因此，不宜在古村落村民家開展農家樂。在古村落，建筑和人是這里的核心和靈魂，形成了自己的循環系統，任何外來的改造和污染，都將對這個系統造成毀滅性的打擊。
作為政府，對于瀕臨滅絕的文化景觀應該肩負起積極保護的責任。這不僅是指制度的保護，更需要資金的投入。保護好古村落，也許比盲目發展更有意義，尊重自然，良好的生態就會反哺人類。如今的第一要務是想著該怎么樣切切實實的保護和延續，而不是貿然地進行旅游開發。我們手中的“文化遺產”越來越多，究竟該由誰來“養活”？該如何“養活”？這樣的冷思考是當下亟需進行的。
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