北部灣有最潔凈港灣之美譽，是中國的四大漁場之一，另３個是渤海、南海近海和舟山。據有關資料記載，北部灣有９００多種魚類，其中優質經濟魚類５０多種，如石斑、帶魚、馬鮫、鯧魚、金線魚等；此外，還有大量頭足類、貝類生物，僅蝦類就超過２００種，蟹多達２０多種。
據專家估算，北部灣漁業資源年產量約為１４０萬噸，可持續捕撈產量每年７０萬噸左右，而北部灣沿海廣西、廣東、海南三省（區）實際捕撈數量遠遠超過這一數字。僅廣西漁民每年在北部灣捕撈產量就達６０萬噸。海南省臨高縣２００５年海洋捕撈產量３７萬噸，產自北部灣達６成以上。
在北部灣沿海，幾乎所有的漁港都“船滿為患”。在占廣西捕撈總量約七成的北海市，記者看到地角內港和電建港兩個主要漁港擠滿了大大小小的漁船。有關人員介紹，這兩個漁港每年休漁期停泊漁船超過港容兩倍多，電建漁港設計容納５００艘中小漁船，休漁期停泊的漁船達１５００多艘，其中五六百艘是大船。
“船實在太多了，”僑港鎮興華漁業公司經理黃家光說，“單船的功率也越來越大，過去只有一百幾十馬力，現在每艘船小的兩三百馬力，大的達五六百馬力。”功率大，意味著捕撈能力增強，但魚并沒有捕得更多。黃家光說，以前漁船出海作業１０天，一般有３０噸產量，現在很少超過２０噸。不僅數量少，而且個頭也越來越小，市場上賣不了好價錢。
記者在北海市電建漁港碼頭看到，每天早上，歸航的漁船將大量小雜魚用小艇接送上岸，被等候在碼頭的大貨車運走，送進工廠加工成魚粉。漁政部門說，這些小雜魚生長周期短，長不大，經濟價值不高，但長年累月地這樣大量捕捉，破壞了海洋食物鏈，造成經濟魚類的減產。
由于漁業資源衰退，北部灣的漁業生產出現了惡性循環：生物越來越少，為了保持產量，捕撈能力越來越強，甚至出現殺雞取卵的作業方式。北部灣近岸海域盛產象鼻螺、蟶子等名貴海貝，上世紀９０年代中期，廣西、廣東沿海興起一種名為“摸螺”的潛捕行業，隨著參與的人員越來越多，海貝越來越少，一些人發明了“高壓水槍”，用高壓水流沖擊海底，不僅各種海貝“大小通吃”，而且徹底毀壞海貝和魚類產卵棲息的場所。４月下旬，廣西漁政執法部門兩天之內在北海市附近水域查獲了３０多艘非法螺船，繳獲高壓水槍３００多支。
為了保護資源，中國從１９９９年起在南海實施了伏季休漁制度。廣西去年的休漁效果評估顯示，休漁后漁獲物中小雜魚的比例明顯降低，一些主要經濟魚類的群體體重有所增加，伏季休漁使濫捕酷捕趨勢得到了一定遏制，魚類種群結構得到了改善。
但一些專家表示，每年為期兩個月的休漁，對恢復漁業資源的作用“較為有限”，近年來越來越普遍的流刺網作業，其捕撈強度與拖網作業相差無幾，卻不在休漁范圍。
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