我國的廢水及主要污染物的排放量在不斷增加，造成了嚴重的水環境問題；而未來五年要在繼續保持經濟較快增長的基礎上降低污染物排放總量。這一矛盾突顯了“十一五”期間水污染防治工作的艱巨性。面對如此艱巨的水污染防治任務，我們必須全面分析水污染不斷加劇的根本原因，以找到防治水污染的關鍵。
一、水污染防治工作的總病根在于分散管理
水污染防治困難的原因有哪些？人們經常談到的有以下幾種：對環境保護重視不夠，投入不足；經濟增長方式粗放；環境保護執法不嚴，監管不力，有法不依、違法不究的現象比較普遍；地方保護主義嚴重。實際上，上述種種原因或多或少都與現行水污染防治體制是相關的。因此，要解決水污染防治的難題，必須從體制上進行改革。
我國水污染防治工作的最大特點是分散管理，實行的是地方負責制。我國是一個幅員遼闊、人口眾多的國家，在社會治安、安全生產等許多事項上實行地方政府負責制都是必然的選擇。但是，在水污染問題上實行地方政府負責制卻未必是一種妥當的選擇。
水污染有著緩慢的累積性和較強的流動性。緩慢的累積性是指水環境的惡化速度相對于地方政府的一屆任期——五年來說是緩慢的，在由一個良好的水環境變化為一個惡劣的水環境的整個過程中，水污染是緩慢累積著的。水污染的流動性實際上是指水污染區別于其他環境問題的一種特殊的負外部性，水污染可以隨著水流的方向由上游轉移到下游、由支流轉移到干流、由高地擴散到低地。由于水污染以上的兩個特點，以及地方政府領導的任期制，中央政府很難追究地方政府水污染的責任；同理，上級地方政府也很難追究下級地方政府水污染的責任。水污染很可能是本屆政府上任前長期累積的，也可能是由別的地區轉移來的。事實上，除個別企業或單位造成較大的突發性水污染事故，如松花江和沱江水污染事故外，還鮮有地方政府領導由于水污染問題而被問責的。我國地方黨委和政府領導在實質上是由上一級黨委選拔任用的。在這種干部管理體制下，國內生產總值和財政收入作為重要的政績考核指標就不得不被當地的黨委和政府領導班子高度重視了。我國實行“分灶吃飯”的財政體制，即各級政府負責的事務主要靠自己的財政收入來支撐（經濟較弱的地區可以得到中央或上級地方政府的財政支持），為了自身經濟利益和贏得民意的需要，地方政府領導也必須特別看重經濟增長。一方面，幾乎不會因為水污染承擔責任；另一方面，片面追求經濟發展速度和財政收入的增長可為自己帶來政治上和經濟上的利益，所以相當多的地方政府忽視水環境的保護就不足為奇了。更有甚者，許多地方政府的領導甚至放縱企業對水體排放含有大量有毒有害物質的污水。
在各級政府中，普遍設置了專門負責環境保護的部門，但在水污染防治工作上，實際上實行的是分部門負責制，水利部門、城建部門、交通部門、地礦部門和 門都承擔了一定的水污染防治職能。雖然《水污染防治法》規定水利等部門結合各自的職責協同環境部門對水污染防治實施監督管理，但在各級政府部門職責分工中存在明顯的職能不清和職能交叉的現象。如在水質監測和排污管理方面存在水利部門和環保部門的職能交叉，而在水功能區劃與水環境功能區劃上則存在職能不清的問題。這在一定程度上造成了部門之間的爭議和隔膜，因而難以有效形成水污染防治的合力。更為嚴重的是，在地方政府領導普遍重經濟增長、輕環境保護的大背景下，環境保護等有關部門很難有效作為。在去年廣東省環保專項行動中發現的一個案例頗具典型意義。中山市某鎮的一個企業的三個電鍍車間長期排放有毒污水，中山市環保局接到居民投訴后，依法責令企業停產，企業置之不理。該局申請強制執行，地方領導出面做工作，爭取了3個月的整改期。但整改期過后廠方紋絲未動，當法院二度強制執行停產時，又有領導出來施加壓力，使強制執行令無法執行。類似這樣的案例，恐怕許多地區都可以見到。
在水污染防治工作中，體制問題首先表現在地方政府的分散管理，其次才表現在部門的分割管理上，前者為主要矛盾，后者為次要矛盾。
二、重塑流域機構是水污染防治工作的首要任務
中央直屬的流域機構目前有兩類。第一類流域機構是水利部派出的流域水行政管理機構。第二類流域機構是作為第一類流域機構內的單列機構而存在的，名義上為水利部和國家環保總局共同管理的機構。第一類流域機構側重于水量管理
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